Первая достопримечательность региона. Ей положено быть на первом месте хотя бы потому что Троя в Чанаккале несёт самую древнюю историю. Открытие древней Трои обязано в основном немецкому археологу-любителю и охотнику за сокровищами Генриху Шлиману, который начал копать здесь в 1871 году. Позже археологи, работающие здесь, раскопали знаменитый город короля Приама, который сражался с греками в 10-летней войне (как сказано в «Илиаде» Гомера). Именно здесь стоит Троянский конь, именно это место рассказывает об Ахиллесовом мифе, о Гекторе и Парисе.
Имя «Троя» фигурирует в хеттских клинописных табличках Богазкёйского архива как Таруиша. На египетской стеле времён Рамзеса III упомянута его победа над морским народом «турша». Это название часто сопоставляют с народом «тереш», упомянутым несколько ранее на знаменитой стеле Мернептаха. Единства в мнениях о том, были ли эти пришельцы троянцами, в научном мире не наблюдается. Имена с данным корнем встречаются в микенских текстах, например командир отряда to-ro-o.
Прежде высказывались соображения, что термины «Троя» и «Илион» могли обозначать различные города одного и того же древнего государства, либо один из этих терминов мог обозначать столицу, а другой — собственно государство, и «слились» в один термин лишь в «Илиаде» (согласно Гиндину и Цымбурскому, Троя — обозначение страны, а Илион — города). Такая точка зрения не лишена оснований, поскольку в «Илиаде», в свою очередь, выделяются фрагменты с параллельными сюжетами, то есть, возможно, восходящие к различным пересказам одного и того же сюжета; к тому же, «Илиада» возникла много столетий спустя после событий Троянской войны, когда многие детали могли забыться.
Большинство находок Шлимана после Второй мировой войны было вывезено из Германии в СССР (см. трофейное искусство). Знаменитый клад Приама на протяжении десятилетий считался утраченным. Лишь в 1990-е гг. выяснилось, что обнаруженные Шлиманом артефакты хранятся в Пушкинском музее и в Государственном Эрмитаже. Последующие археологи обнаружили в Гиссарлыке следы девяти крепостей-поселений, существовавших в разные эпохи.
Первое из найденных в Гиссарлыке поселений (так называемая Троя I) представляло собой крепость диаметром менее 100 м и, очевидно, существовало на протяжении длительного периода. К эпохе, описанной в «Илиаде», относится седьмой слой. В этот период Троя представляет собой обширное (площадью свыше 200 тыс.м²) поселение, обнесённое крепкими стенами с девятиметровыми башнями.
После Шлимана раскопками в Гиссарлыке занимались Вильгельм Дёрпфельд, Карл Блеген и Манфред Корфман, который обнаружил вокруг холма останки нижнего города. Крупные раскопки 1988 года показали, что население города в гомеровскую эпоху составляло от шести до десяти тысяч жителей — по тем временам, весьма внушительное число. Согласно данным экспедиции Корфмана, площадь нижнего города была примерно 170 тыс.м², цитадели — 23 тыс.м² (что в 15 раз больше цифр, которые приводят предшественники Корфмана).
Для привлечения туристов в 1970-е гг. на территории археологической зоны была воздвигнута полноразмерная модель Троянского коня. За плату желающие могут забраться внутрь.
